En élevage, l’essentiel de l’azote provient de l’alimentation des animaux produite en partie avec des engrais minéraux azotés. L’azote des végétaux est transformé par les animaux en lait et viande sous forme de protéines, mais avec des pertes qui retournent dans l’environnement pour y être recyclées, transformées, stockées ou bien qui sont transférées vers l’air, l’eau et le sol et peuvent alors être source de pollution. En France, comme pour la moyenne européenne, l’azote utilisé pour fertiliser les sols provient pour un peu plus de la moitié des engrais de synthèse, et pour le reste des effluents d’élevage. L’azote fixé par les légumineuses des prairies et des cultures de luzerne évite l’usage d’engrais minéraux.
La gestion de l’azote représente donc un enjeu principal dans l’efficience environnementale d’une exploitation laitière. Le bilan azoté permet d’évaluer les principaux flux d’azote et excédents annuels au niveau d’une exploitation. C’est un bilan des entrées (engrais, concentrés, fixation symbiotique, aliments et fourrages achetés, déjections) et des sorties (lait, viande, céréales, déjections, fourrages vendus) à l’échelle de l’exploitation. Les excédents d’azote sont variables selon les systèmes laitiers : inférieurs à 60 kg par hectare dans les systèmes herbagers et de 80 à 100 kg dans des systèmes avec des cultures fourragères plus importantes. Lorsque le bilan de l’exploitation est élevé, la quantité d’azote résiduel dans le sol est plus importante d’où un risque accru de partir vers les eaux et l’air. Un risque qui dépend aussi du type de sol.