Champignons microscopiques jouant un rôle essentiel durant l’affinage de différents fromages. Les moisissures se développent en surface des fromages à croûte fleurie (brie, camembert…) ou dans les cavités internes des fromages à pâte persillée (roquefort, bleu). Comme les levures, elles métabolisent l’acide lactique et diminuent l’acidité de la pâte. Elles produisent des quantités importantes d’enzymes protéolytiques et lipolytiques, et participent de façon déterminante à la saveur des fromages affinés, de même qu’à l’assouplissement de la pâte. Certaines moisissures comme le Mucor sont à la fois utiles pour la fabrication de Tomme de Savoie mais peuvent être à l’origine de défauts de la croûte de Camembert appelés poils de chat.